Η γνωστική δυσλειτουργία μετά από κρανιοεγκεφαλική κάκωση, μπορεί να εξαρτάται από την περιοχή του εγκεφάλου που έχει τραυματιστεί. Γνωρίζουμε ότι συγκεκριμένες περιοχές του εγκεφάλου, είτε ελέγχουν συγκεκριμένες  γνωστικές και κινητικές λειτουργίες, είτε συνεργάζονται με άλλες περιοχές για να πραγματοποιηθούν άλλες γνωστικές και κινητικές λειτουργίες. Με αυτόν τον τρόπο, όταν πλήττεται μία ή περισσότερες εγκεφαλικές περιοχές μπορεί να παρουσιαστούν ελλείμματα και στις γνωστικές και κινητικές λειτουργίες τις οποίες ελέγχουν. 

Πιο συγκεκριμένα:

Τραυματισμός στο μετωπιαίο φλοιό, δηλαδή στο μπροστινό μέρος του εγκεφαλικού φλοιού,  έχει ως συνέπεια μία σειρά από γνωστικές δυσλειτουργίες, που ελέγχει αυτή η περιοχή. Για παράδειγμα, μπορεί να υπάρξει επιτελική δυσλειτουργία, δηλαδή, το άτομο να παρουσιάσει δυσκολίες στην επίλυση προβλημάτων, στο σχεδιασμό και στη λήψη αποφάσεων. Επίσης, το άτομο μπορεί να δυσκολεύεται στην ενεργό μνήμη και στη νοητική ευελιξία και να αλλάζει, να προσαρμόζεται και να απαντάει γρήγορα από μία συνθήκη σε μία άλλη. Ακόμη, το άτομο μπορεί να παρουσιάσει αλλαγές στην προσωπικότητα: Να γίνει έντονα παρορμητικό, να παρουσιάζει έλλειψη αναστολών σε κοινωνικές συνθήκες και να μην μπορεί να ρυθμίσει τις συναισθηματικές του αντιδράσεις.

Τραυματισμός του κροταφικού φλοιού, δηλαδή  στο κάτω μέρος του εγκεφαλικού φλοιού, μπορεί να οδηγήσει σε μνημονική δυσλειτουργία με δυσκολία στην εκμάθηση και παγίωση νέας πληροφορίας, δυσκολίες στο λόγο, στην πλοήγηση σε ένα χάρτη και στην επεξεργασία και αντίληψη ακουστικών ερεθισμάτων. Επίσης, οι τραυματισμοί των κροταφικών λοβών μπορεί να οδηγήσουν σε αγνωσίες, σε δυσκολία δηλαδή του ατόμου να αναγνωρίσει οπτικά ή ακουστικά ερεθίσματα. 

Είναι σημαντικό να γίνει ιδιαίτερη μνεία  στις περιοχές του λόγου, καθώς αυτές ανευρίσκονται κυρίως στον αριστερό μετωπιαίο (περιοχή Broca) και στον αριστερό βρεγματικό φλοιό και αριστερό κροταφικό φλοιό (περιοχή Wernicke). Εάν τραυματιστούν αυτές οι περιοχές ή/και η μεταξύ τους επικοινωνία, τότε μπορεί να υπάρξουν δυσκολίες στην κατανόηση, στην εκφορά και στην παραγωγή του λόγου, δίνοντας τις ονομαζόμενες αφασίες. 

Τραυματισμός του βρεγματικού φλοιού μπορεί να έχει ως αποτέλεσμα την δυσκολία στην αντίληψη των απτικών ερεθισμάτων, όπως στην πίεση, στην θερμοκρασία και τον πόνο. Επίσης, τα άτομα μπορεί να αντιμετωπίζουν δυσκολίες στην οπτικοχωρική αντίληψη. Για παράδειγμα, να μην μπορούν να αντιληφθούν την κίνηση των αυτοκινήτων ή που βρίσκονται τα αντικείμενα στο χώρο. Επίσης, βλέπουμε δυσκολίες στον προσανατολισμό ως προς το χώρο, το χρόνο και το πρόσωπο. 

Τραυματισμός του ινιακού φλοιού, που βρίσκεται στο πίσω μέρος του εγκεφαλικού φλοιού, μπορεί να οδηγήσει σε δυσκολίες στην επεξεργασία και την αντίληψη των οπτικών ερεθισμάτων και των χρωμάτων. Η επικοινωνία του οπτικού φλοιού με τον κροταφικό φαίνεται να ελέγχει την αναγνώριση οπτικών ερεθισμάτων, οπότε αντίστοιχος τραυματισμός να οδηγεί σε πιθανή την οπτική αγνωσία, όπως και την προσωπαγνωσία

Τέλος, ο τραυματισμός του μεσολόβιου, της «γέφυρας» που ενώνει τα δύο ημισφαίρια, μπορεί να έχει ως αποτέλεσμα τη μερική ή ολική διακοπή της επικοινωνίας μεταξύ των δύο ημισφαιρίων. Η κλινική εικόνα αντιστοιχεί στο μέρος του μεσολόβιου που έχει πληγεί και έχει ως αποτέλεσμα γνωστικές, κινητικές και ψυχιατρικές δυσχαίριες. Αποτελεί σοβαρή συνέπεια των κρανιοεγκεφαλικών κακώσεων και έχει σοβαρή επίπτωση στην καθημερινότητα του ατόμου.

Η εικόνα δεν είναι τόσο ξεκάθαρη πάντα. Επειδή, οι τραυματισμοί δεν μένουν μόνο σε μία εγκεφαλική περιοχή, αλλά μπορεί να διαχέονται σε διπλανές περιοχές, η κλινική εικόνα είναι σπάνια τόσο ακριβής. Γι΄αυτό, χρειάζεται να γίνεται λεπτομερής νευροψυχολογική εκτίμηση, η οποία δείχνει με σαφήνεια τις γνωστικές λειτουργίες που έχουν πληγεί από τον τραυματισμό. Επίσης, είναι αναγκαίο το άτομο να ξεκινήσει συνεδρίες γνωστικής αποκατάστασης, ώστε να μπορέσει να αντιμετωπίσει τα γνωστικά ελλείμματα και να ανακτήσει την λειτουργικότητά του.